Come già rivelato dal filmato di gameplay mostrato da Konami nel corso della Gamescom, in Metal Gear Solid V: The Phantom Pain, molta attenzione è stata posta alla Mother Base, il nostro quartier generale.
La base, oltre che per il riposo tra una missione e l’altra, offrirà la possibilità di gestire i propri uomini e risorse, fabbricare con il dipartimento di ricerca e sviluppo materiali ed armi. La Mother Base sarà ampliabile a piacere dal giocatore, che potrà migliorare i dipartimenti più utili e fortificare le difese per proteggersi dagli attacchi degli altri giocatori, che cercheranno di rubarci uomini ed oggetti.
Si potrà inoltre scegliere se ampliare un unica grande base o costruirne di più, disseminate nel resto della zona.